W 2016 roku awaria elektrowni jądrowej skaziła Tokio, zmuszając rząd do zarządzenia ewakuacji mieszkańców. 20 lat później Tokio stało się miastem widmo z powodu wysokiego poziomu promieniowania, do którego rząd zakazał wstępu wszystkim. Kiedy z tego obszaru dociera sygnał alarmowy, Japońskie Siły Samoobrony Lądowej wysyłają trzy dziewczyny ze specjalnej jednostki Coppelion, aby przeszukały zrujnowaną stolicę w poszukiwaniu ocalałych.