Batman Beyond opowiada historię Terry'ego McGinnisa, który był zwykłym nastolatkiem... aż do tajemniczego morderstwa jego ojca. Podejrzewając nieczystą grę w firmie ojca Wayne/Powers Corporation, Terry spotyka Bruce'a Wayne'a i odkrywa sekret tożsamości, który był ukrywany przez dekady. Teraz zbyt stary, by walczyć z niesprawiedliwością, Wayne jest gorzkim cieniem swojego dawnego ja i odmawia pomocy. Więc Terry robi to, co każdy zuchwały młody chłopak by zrobił: kradnie Batsuit i bierze sprawy w swoje ręce! Przysięgając pomścić śmierć ojca, Terry zakłada zaawansowany technologicznie kostium - wyposażony w plecaki odrzutowe do latania, supersensywny mikrofon do podsłuchiwania, a nawet zdolności kamuflażu - w poszukiwaniu mordercy swojego ojca.