Tokidoki to japoński uczeń liceum, który za niezdanie lekcji historii zostaje wysłany do zaawansowanego technologicznie muzeum historii, gdzie wirtualnie odtwarzany jest okres Edo, aby odrobić zaległości. Jednak to, co miało być prostym projektem szkolnym, staje się znacznie bardziej skomplikowane, gdy zostaje zaatakowany przez dwa nadprzyrodzone byty znane jako "nue" i "yakou", a w konsekwencji traci wzrok w lewym oku. Po tym, jak ratuje go przed nue dziewczyna o imieniu Kuchiha, zdaje sobie sprawę, że nie ma już na sobie gogli symulacyjnych i jest uwięziony w wirtualnym Edo.