유기 모토라는 이름의 어린 소년이 고대 이집트의 퍼즐을 풀고 어둡고 강력한 또 다른 자아를 불러낸다. 그와 그의 친구들이 악의 위협을 받을 때마다, 이 또 다른 자아는 밀레니엄 퍼즐의 속박에서 벗어나 악당들에게 그림자 게임을 도전한다. 이것은 인간의 진정한 본성을 시험하는 삶과 죽음의 상황이다. 패배하거나 속임수를 쓰는 자는 정신을 잃거나 심지어 목숨을 잃는 심각한 처벌을 받게 된다. 조이, 트리스탄, 테아, 미호와 함께 유기와 그의 어두운 분신은 듀얼 몬스터 카드 게임의 무자비한 챔피언 세토 카이바, 그리고 야미 유기보다 더 잔인한 영혼을 지닌 밀레니엄 링의 소유자 료 바쿠라와 같은 적들과 맞선다. 유기와 그의 친구들은 성공할 것인가, 아니면 영혼을 잃게 될 것인가?