전설에 따르면, 수수께끼의 밀레니엄 퍼즐은 고대의 비밀을 풀어내는 자에게 소원 하나를 들어준다고 합니다. 퍼즐을 푼 고등학생 유우기 무토는 그 안에 봉인된 기묘한 존재, '또 다른 유우기'를 해방시킵니다. 이제 그가 딜레마에 직면할 때마다 이 신비로운 또 다른 자아가 나타나 그의 곤경을 돕습니다. 이 이상한 영혼의 뒤에 숨겨진 수수께끼를 풀고 싶어 하는 유우기와 그의 친구들은 밀레니엄 퍼즐을 훔쳐 그 안에 깃든 위대한 힘을 이용하려는 자들과 '듀얼 몬스터즈'라는 도전적인 카드 게임에서 경쟁하게 됩니다. 질문이 쌓여갈수록, 이 듀얼에서 걸린 것이 자존심 이상의 것임을 깨닫는 데는 그리 오래 걸리지 않습니다.