시즌 5, 에피소드 1: 끝없는 공포 - 파라켈수스는 클라우디아를 이용해 타임머신을 만들어 역사를 다시 쓰고 웨어하우스 9의 유일한 관리자가 되기 위해 웨어하우스 13을 장악합니다. 피트와 마이카는 그를 막기 위해 1541년으로 떠나고, 아티와 진크스는 끔찍한 대체 현재를 헤쳐나갑니다. 피트와 마이카는 성공적으로 파라켈수스를 청동으로 만들고 타임라인을 복원합니다. 하지만 대체 베네딕트 발다가 웨어하우스에 나타나고, 그들을 따라 돌아왔으며, 새로운 위협을 암시합니다.

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시즌 5, 에피소드 2: 비밀 임무 - 피트와 마이카는 D.C.에서 벌어지는 미스터리한 익사 사건을 조사하던 중, 드레이퍼스 검자루가 희생자들이 거짓말을 할 때 익사하게 만든다는 사실을 밝혀낸다. 한편, 아티는 클라우디아에게 그녀의 언니 클레어가 살아있으며, 프랜시스 파머의 음악 상자 유물에 영향을 받아 부모님의 죽음에 책임이 있다고 밝힌다. 클레어는 유물로 인한 혼수상태에 빠져 있었다. 에피소드는 클레어를 깨우기로 결심한 클라우디아의 모습으로 마무리된다.

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시즌 5, 에피소드 3: 기억할 만한 축제 - 피트와 진크스는 오스왈드라는 "도퍼"가 의도치 않은 영웅이 되는 르네상스 축제에서 유물로 인한 혼란을 조사합니다. 한편, 클라우디아와 마이카는 혼수상태에 빠진 클라우디아의 여동생 클레어를 깨우려 합니다. 유물 에너지가 의도치 않게 마이카에게 옮겨지고, 그녀를 불안정하게 만듭니다. 마이카를 구하기 위해 클레어는 용감하게 다시 혼수상태에 들어가기로 선택하고, 위험한 에너지를 다시 자신에게로 가져가며, 클라우디아는 영구적인 치료법을 찾겠다고 맹세합니다.

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시즌 5, 에피소드 4: Savage Seduction - 피트, 마이카, 아티는 피트의 전 여자친구 켈리가 할머니가 갇혀 있는 것을 도와달라고 요청하면서 스페인 텔레노벨라에 휘말린다. 유물을 사용하여 멜로드라마틱한 줄거리를 헤쳐나가고, 클라우디아와 스티브는 스티브를 두 개의 별개 인격으로 복제하는 별도의 유물을 조사한다. 팀은 결국 텔레노벨라 유물을 무력화시켜 모두를 해방시킨다. 켈리는 피트가 마이카에게 진심으로 느끼고 있음을 밝히고, 두 명의 스티브는 그대로 남는다.

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시즌 5, 에피소드 5: 창쿠 스시 - 대체 현실의 발다가 정신 제어 유물을 사용하여 클라우디아의 여동생 클레어를 납치하고 그녀를 강요한다.

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시즌 5, 에피소드 6: 끝없는 - 팀이 창고의 잠재적인 이전을 준비하는 동안, 프레드릭 부인은 그들에게 타임캡슐에 그들의 결정적인 기억들을 기여해달라고 요청합니다. 마이카는 피트에게 사랑을 고백하고, 그들은 마침내 키스합니다. 아티는 비밀 아들이 있다고 밝힙니다. 시리즈는 수십 년 후 불로불사의 관리인인 클라우디아, 도노반 양이 새로운 요원들을 안내하고 친구들을 회상하는 것으로 마무리됩니다.