퍼즐을 사랑하는 고등학교 1학년 카이토는 '파이 브레인'의 후보로 선정된다. 그는 친구 노노하와 함께 학교 근처에서 '풀 수 없는 퍼즐'을 발견한다. 이 퍼즐은 신비로운 집단 P.O.G.(퍼즐 오브 갓)가 만든 생명을 위협하는 '철학자의 퍼즐'임이 밝혀진다. 퍼즐을 성공적으로 푼 카이토는 솔버로 지정되고, 다른 솔버들과 함께 전 세계를 다니며 '철학자의 퍼즐'을 풀어 P.O.G.와 맞서 싸우게 된다.