2030년, 일본. 전 세계를 휩쓴 바이러스가 인간을 감염시켰다. 감염자들은 나이, 성별, 인종에 따라 다양한 형태의 괴물로 변한다. 바이러스의 이름은 '기비아' — 그 다양성이 기비아처럼 풍부하다는 뜻에서 붙여졌다. 바로 그때, 황폐해진 일본 땅에 사무라이와 닌자 한 쌍이 나타난다. 두 사람은 에도 시대 초반에서 왔으며, 기비아 치료법을 찾으려는 의사의 도움을 받으며 함께 싸운다. 끊임없이 몰려오는 기비아와 여행자들을 습격해 식량을 빼앗는 무법자들의 공격에 맞서, 그들은 사방에 적이 도사리는 위험한 여정을 시작한다.