시즌 3, 에피소드 1: No Más - 끔찍한 비행기 추락 사고의 여파로 월트는 죄책감과 스카일러의 이혼 결정에 괴로워한다. 한편, 살라망카 사촌들은 하이젠버그를 찾아 복수를 위한 북쪽 여정을 시작한다. 재활 치료를 마친 제시, "나쁜" 사람이 되는 자신의 역할을 받아들이며 갈등이 고조될 무대를 마련한다. 에피소드는 사촌들이 국경을 넘으면서 자신들을 알아보는 사람들을 무자비하게 제거하는 것으로 마무리된다.

시즌 3, 에피소드 2: 이름 없는 말 - 월트는 금이 간 앞유리 때문에 교통 검문을 하던 중 경찰관과 공격적인 충돌을 일으킨 후 체포된다. 한편, 제시(Jesse)는 솔 굿맨(Saul Goodman)을 이용하여 자신의 부모에게 이모의 집을 시세보다 훨씬 낮은 가격에 팔도록 강요한다. 에피소드는 살라망카 사촌들이 월트의 집에서 월트를 암살하려 하지만, 구스 프링(Gus Fring)의 개입으로 좌절되는 것으로 끝을 맺는다.

시즌 3, 에피소드 3: I.F.T. - 월트는 스카일러와 다시 함께 살게 되지만, 스카일러는 경찰에 신고하고 법적 구제 방법이 없다는 것을 알게 된 후 변호사에게 그의 메스 제조 사업에 대한 지식을 고백하고 테드 베네케와 바람을 피기 시작한다. 한편, 제시는 제인의 죽음으로 괴로워하고, 카르텔 사촌들은 구스 프링으로부터 월트에 대한 복수를 보류하라는 경고를 받는다. 에피소드는 스카일러가 월트에게 "내가 테드랑 잤어"라고 말하며 화해의 희망을 산산이 부수는 것으로 끝맺는다.

시즌 3, 에피소드 4: 초록불 - 월트는 테드 베네케와 대면하고, 그를 건물에서 쫓아내고 결국 솔 굿맨을 변호사에서 해고하게 된다. 한편, 제시는 자신의 메스암페타민을 팔려고 하지만, 월트에게 품질이 떨어진다는 평가를 받는다. 에피소드는 월트가 빅터로부터 돈 가방을 받는 것으로 마무리되며, 이는 거스의 지속적인 관여를 의미하고, 신호등의 문자 그대로의 초록불은 월트가 마지못해 다시 메스 사업으로 돌아가는 길을 상징한다.

시즌 3, 에피소드 5: Más - 이 에피소드는 제시가 월트의 RV 돈을 스트립 클럽에서 쓰는 회상 장면으로 시작하며, 그가 콤보에게서 훔친 RV를 구매하게 되는 과정을 보여준다. 현재 시점에서 월트는 거스의 요리 복귀 제안을 거절하지만, 거스는 그에게 새로운 연구실을 보여준다. 한편, 행크는 RV에 대한 수사를 통해 콤보의 어머니에게 접근하고, 간접적으로 제시를 시야에 넣게 된다. 에피소드는 월트가 마약을 요리하기 위해 돌아오면서 마무리되며, 거스의 제안을 수락한 것으로 보인다. 한편 제시는 월트의 배신에 분노하여 월트의 새로 수리된 앞 유리를 부순다.

시즌 3, 에피소드 6: 일몰 - 제시에 대한 행크의 수사는 그를 RV로 이끌고, 월트는 RV 파괴를 시도하게 된다. 마리를 위한 가짜 교통사고를 꾸며낸 필사적인 속임수로 행크를 멀리 보내고, RV는 파괴되어 중요한 증거를 효과적으로 지운다. 한편, 거스는 사촌들을 만나 그들의 복수를 행크에게로 은근히 돌려, 사실상 행크의 사망 선고를 내린다.

시즌 3, 에피소드 7: 1분 - 행크 슈레이더는 아내의 상태에 대해 잘못된 정보를 듣고 제시 핑크맨을 잔혹하게 폭행한다. 한편, 살라망카 사촌인 레오넬과 마르코는 주차장에서 행크를 매복 공격하여 격렬한 총격전이 벌어지고, 행크는 두 암살자를 모두 죽이지만, 심각한 부상을 입는다. 월트는 제시를 설득하여 메스 연구실에서 파트너로 복귀시킨다.

시즌 3, 에피소드 8: 난 널 보고 있다 - 행크가 병원에서 회복하는 동안, 월트는 게일을 해고하고 제시를 그의 실험실 파트너로 복귀시킨다. 살아남은 살라망카 사촌은 병원에서 월트를 보고 최후의 유혈 공격을 시도하지만 제압당하고 결국 사망한다. 한편, 거스 프링은 주요 위협인 카르텔 보스 후안 볼사의 죽음을 계획한다. 에피소드는 월트가 복잡한 여파를 헤쳐나가고 거스가 그의 권력을 공고히 하는 것으로 마무리된다.

시즌 3, 에피소드 9: 카프카적 - 스카일러는 행크의 광범위한 치료비를 지불하기 위해 월트의 도박으로 번 돈에 대한 설득력 있는 이야기를 꾸며내고, 이는 월트의 마지못한 존경을 얻는다. 제시, 거스로부터 메스를 요리해서 얻는 미미한 이익에 불만을 품고, 자신이 직접 팔기 위해 남은 제품을 훔치기로 결심하고, 배저와 스키니 피트를 끌어들인다. 월트와 거스는 사업 관계에 대한 새로운 이해에 도달하고, 거스는 월트의 가족이 안전할 것이라고 확신시킨다. 에피소드는 스카일러가 월트에게 " 행크가 여기 있는 건 당신 때문이고, 난 그걸 잊지 않을 거야 "라고 말하며, 그의 공격 연루에 대한 그녀의 커져가는 의심을 암시하며 끝맺는다.

시즌 3, 에피소드 10: 파리 - 월트는 슈퍼랩 안의 단 한 마리 파리를 죽이려는 강박적인 시도에 몰두한다. 그는 파리가 그들의 메스를 오염시킬까 봐 두려워하며, 그의 행동은 제시와 그를 갉아먹는다. 감금된 동안, 월트는 죄책감과 씨름하며 제인의 죽음에 대한 자신의 역할을 거의 고백할 뻔한다. 에피소드는 제시가 마침내 파리를 때려잡는 것으로 끝나지만, 여전히 내면의 혼란에 시달리는 월트는 잠을 청하려 할 때 또 다른 파리를 보게 되고, 이는 그의 죄책감과 집착이 피할 수 없다는 것을 암시한다.

시즌 3, 에피소드 11: 아비큐 - 제시가 안드레아의 남동생 토마스가 콤보 살인의 책임자임을 알게 되고, 제시가 토마스와 대면하여 월트의 제품인지 확인하기 위해 그에게서 메스를 산다. 한편, 스카일러는 월트의 돈을 세탁하기 위해 세차장을 사자고 제안하고, 거스는 월트에게 "같은 실수를 두 번 하지 말라"고 경고한다. 에피소드는 제시가 콤보가 살해당한 모퉁이를 방문하는 것으로 끝맺는다.

시즌 3, 에피소드 12: 어중간한 대처 - 친구 콤보의 살인과 딜러들의 아이들 이용에 분노한 제시가 복수를 계획한다. 마이크는 월트에게 "어중간한 대처"에 대해 경고하며, 자신의 관용이 죽음으로 이어진 이야기를 들려준다. 월트는 제시의 안전을 걱정하며, 극적으로 개입하여 딜러 두 명을 차로 치고 직접 처형한다. 에피소드는 월트가 충격에 빠진 제시에게 "뛰어"라고 말하며 끝맺는다.

시즌 3, 에피소드 13: 완전한 척도 - 임박한 죽음에 직면한 월트는 자신들의 목숨을 구하기 위해 제시를 조종하여 게일 보에티커를 살해하게 한다. 월트는 거스 부하들에게 붙잡혀 살해당할 위기에 처하지만, 제시에게 마지막 통화를 하게 해달라고 설득한다. 그는 제시에게 게일을 죽이라고 지시하고, 제시는 눈물을 흘리며 그렇게 한다. 에피소드는 월트가 자신의 대체자를 제거했지만, 거스 프링이라는 강력한 적을 만들었다는 것을 깨달으며 끝맺는다.

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