1930년대 초, 시카고에서 대륙횡단 기차인 플라잉 푸시풋이 전설적인 여정을 시작하며 전국에 피의 흔적을 남기고 있다. 동시에 뉴욕에서는 야망 있는 과학자 질라드와 그의 내키지 않는 조수 에니스가 사라진 불사의 엘릭서 병을 찾고 있다. 게다가 마피아 그룹 간의 전쟁이 심화되고 있다. 1711년, 아드베나 아비스 호에서는 연금술사들이 불사의 대가를 배우려 하고 있다. 수상 경력이 있는 같은 이름의 라이트 노벨을 원작으로 한 바카노!는 시간과 장소가 처음에는 관련이 없어 보이는 여러 사건을 따라가지만, 이는 알케미, 생존, 불사의 이야기를 포함한 훨씬 더 큰 이야기의 일부이다. 이 사건들을 연결하는 것은 친절한 도둑 지망생 아이작과 미리아로, 다양한 사람들을 연결하며 각자 숨겨진 야망과 계획을 가진 이들과의 평생의 유대와 결과를 만들어낸다.