遊戯王（ゆうぎおう） 古代エジプトのパズルを解いた少年、武藤遊戯（むとう ゆうぎ）。そのパズルは、闇の力を持つもう一人の遊戯を目覚めさせた。遊戯と仲間たちが悪の脅威にさらされる時、そのもう一人の遊戯は千年パズルから解き放たれ、悪党たちに「シャドウゲーム」を挑む。それは、人間の本質を試す、生か死かの究極のゲーム。敗北者や不正を働いた者は、正気を失うか、命さえも奪われるという過酷な代償を払うことになる。親友の城之内克也（じょうのうち かつや）、本田ヒロト（ほんだ ひろと）、真崎杏子（まさき きょうこ）、そして美穂と共に、遊戯と闇の遊戯は、デュエルモンスターズカードゲームの冷酷なチャンピオン、海馬瀬人（かいば せと）や、千年リングに宿る闇の遊戯をも凌駕する凶悪な精霊を持つ獏良了（ばくら りょう）といった強敵たちに立ち向かう。遊戯と仲間たちは勝利を掴むのか、それとも魂を失ってしまうのか？