大統領の命を救った後、2人のシークレットサービスエージェントは突然、ウィンドスウェプト・サウスダコタにある巨大な極秘保管施設「ウェアハウス13」に転任される。この施設には、アメリカ政府が収集したすべての奇妙なアーティファクト、神秘的な遺物、幻想的なオブジェクト、超自然的なお土産が保管されている。ウェアハウスの管理者アーティは、ピーターとマイカに新しいオブジェクトをウェアハウスに保管するための超自然的および超常現象の活動に関する報告を追跡するよう命じるとともに、ウェアハウス自体の管理を手伝うよう求める。チームには、技術専門家のクラウディアと元ATFのスティーブ・ジンクスも加わる。