『ザ・リバー』は、野生動物の専門家でありテレビパーソナリティのエメット・コールの物語を追います。エメットは妻のテスと息子のリンカーンと共に、世界を巡りながら、テレビ史上最も人気のある番組の一つとなる撮影を行いました。しかし、彼がアマゾンの奥深くで行方不明になると、家族、友人、クルーは彼を探すために神秘的で危険な旅に出ます。著名な探検家エメット・コール博士は、未知のアマゾンの奥深くで魔法を探しに行き、二度と戻ってきませんでした。彼の失踪に関する衝撃的な真実はどこかに存在し、発見されるのを待っています。彼の自然番組を見て育った何百万もの子供たちにとって、コール博士は英雄でした。しかし、彼自身の息子リンカーンにとっては、もっと謎めいた存在でした。今、彼が姿を消してから6ヶ月後、リンカーンはついに過去を葬る準備が整ったとき、コール博士の緊急ビーコンが突然鳴り響きます。母親のテスに促され、リンカーンは渋々父親を探す旅に参加することになります。救助資金を調達するために、彼らはコール博士の元プロデューサーであるクラークに、ミッションをドキュメンタリー風に撮影することを許可します。