シーズン3、第1話：タトゥー - アイザックは、スコットを狙うアルファパックから謎の女性に救出される。スコットは、アリソンに連絡を取らなかった自分へのご褒美としてタトゥーを入れるが、すぐに治ってしまう。デレクはタトゥーを定着させる手助けをする。アイザックを救った女性はデューカリオンに殺され、彼はデレクを利用してスコットを排除する計画を明かす。

シーズン3、第2話：カオス・ライジング - スタイルの幼馴染が誕生日パーティーの後に行方不明になる。アイザックの記憶からエリカの死体とボイドの居場所が明らかになる。スコットとデレクはボイドとコーラが金庫に閉じ込められているのを見つけるが、満月から遠ざけられていたため、彼らは血に飢えている。アリソンはモクレンの灰の封印を破り、ボイドとコーラを解放する。

シーズン3、第3話：蛍 - スコット、デレク、アイザックはボイドとコーラを捜索し、クリス・アージェントに助けを求める。スタイルズは殺人事件を捜査し、被害者が処女であることを発見する。狼男たちは学校におびき寄せられ、そこでデレクはブレイク先生を守るために彼らと戦う。スタイルズは殺人が生贄であると推測し、別の遺体が発見される。エピソードはデレクがブレイク先生に手を差し伸べる場面で終わる。

シーズン3、第4話：解放 - スコットは対立を止めようとし、スタイルズは狼男を擁護する。ブレットの飼い主が殺害されているのが発見され、過去の犠牲を彷彿とさせる。デレクはアルファに襲われ、デュカリオンは彼自身のベータを殺すことで彼らのパックに加わるよう誘惑する。これを悟ったデレクは、アイザックを保護するために追い出す。その後、アイザックはスコットとメリッサの家に引っ越す。

シーズン3、第5話：ほつれ - フラッシュバックに悩まされながら、スコットとその友人たちが大陸横断旅行に出かける様子が描かれる。スコットは怪我をし、スタイルズは心配する。デューカリオンはディーントンの診療所に到着し、弱体化したアルファ、エニスを殺害する。アリソンはバスの中で怪我をしたスコットを助ける。デレクは転落で負傷し、ジェニファー・ブレイクに助けを求める。

シーズン3、第6話：モーテル・カリフォルニア - クロスカントリーチームは、暗い歴史を持つモーテルに滞在し、トリカブト中毒により過去のトラウマの幻覚を見る。スコット、アイザック、イーサンは自殺寸前に追い込まれ、ボイドは溺死しかける。スタイルズとリディアは、モーテルの自殺者数とトリカブト中毒を発見し、ボイドとイーサンを救う。スコットは幻覚に駆られ、自身に火をつけようとするが、スタイルズが阻止する。エピソードは、チームがモーテルを去り、彼らが標的にされていたことに気づき、デューカリオンがスコットの母親を脅迫する場面で終わる。

シーズン3、エピソード7：カレント - スコットの師であるディートンがダラックに狙われ、デレクはアルファの群れと対峙する。アルファたちのために仕掛けられた罠は裏目に出て、ボイドの悲劇的な死を招く。ボイドはカリと双子に殺される。アリソンはダラックの犠牲場所を示す地図を発見する。エピソードの最後で、ディートンはスコットがトゥルーアルファであることを明かす。

シーズン3、エピソード8：ビジョナリー - スコット、アリスン、スティルズはジェラルドとピーターに答えを求める。フラッシュバックでは、若いデレクとペイジのロマンスが描かれ、デレクが狼男の噛みつきに失敗した後、彼女を安楽死させるという悲劇的な結末を迎える。ジェラルドはデカリオンを盲目にした経緯を語る。エピソードは、デカリオンが常に盲目ではなく、狼としては見えるという衝撃の事実で締めくくられる。

シーズン3、エピソード9：知りすぎた少女 - ダーラックによって保安官代理タラが殺される。リディアは自分がバンシーであることを知る。ブレイク先生がダーラックであることを明かす。スティルズは父親に超常現象について納得させようとするが、スティルズ保安官はスコットの狼男の姿を目撃して初めて信じる。ダーラックはスティルズ保安官を誘拐する。

シーズン3、エピソード10：見過ごされた者たち - 嵐がスコットとデレクを避難した病院に閉じ込め、コーラの容態が悪化する。ダラッハであるジェニファーは、コーラを救い、スティリンスキー保安官の居場所を明かすことを、安全な通過と引き換えに約束する。ジェニファーは彼らを裏切り、デレクを気絶させ、メリッサ・マッコールを誘拐する。スコットは、デューカリアンと協力せざるを得なくなり、難しい選択を迫られる。

シーズン3、エピソード11：アルファの誓約 - ジェニファーに誘拐されたガーディアンたち（メリッサ・マッコール、スティンスキー保安官、クリス・アルジェント）を救うため、スコットは彼女を見つけるためにデユーカリオンと手を組む。デレクはアルファの火花を使って、死にかけているコーラを救おうとする。スコット、アリスン、ステイルスは、ネメトンを見つけるために儀式的な臨死体験をする。エピソードは、デレクがコーラから痛みとマウンテンアッシュを吸収し、アルファの地位を失うところで終わる。

シーズン3、エピソード12：月の楕円 - 危険な儀式の後、スコット、アリソン、ステールスはネメトンの場所を知って目を覚ます。月の食によって力を得たジェニファーは、カリを殺し、双子を弱らせる。ステールスは、崩壊する地下貯蔵庫に閉じ込められた両親を救出するためにバットを持って現れる。スコットは真のアルファとなり、デューカロンはジェニファーを殺す。

シーズン3、エピソード13：アンカーズ - サロゲートの犠牲の後、スコット、スティルズ、アリソンは不穏な副作用を経験する。スコットはアルファの姿に苦しみ、スティルズは悪夢のような睡眠麻痺と戦い、アリソンはケイト・アーゲントの幻覚を見る。スコットはキラと出会い、スティルンスキー保安官は未解決事件を再捜査する。アリソンは幻覚の中でライラを撃ちそうになる。エピソードは、スコットとスティルズが未解決事件に関連する遺体を探すところで終わる。

シーズン3、エピソード14：善より悪 - スコットと友人たちは、父に捕まる前にウェアコヨーテのマリアを捕獲しようと急ぐ。デレクとピーターは、ブラエデンによって解放されるが、彼女はデユーカリオンに雇われたことを明かす。アリソンはケイトの幻覚を見る。スコットはマリアと対峙し、アルファの咆哮を使って彼女を人間に戻す。ステイルズは、マリアが父と再会すると同時に、読み書き能力を取り戻す。

シーズン3、エピソード15：Galvanize - 目が光る人間を狙う殺人犯、バローが護送中に逃亡する。スコットと仲間たちは、バローが危害を加えようとしているキラを守ろうとする。ステイルズとリディアは学校を調査し、バローの計画が電気に関係していることに気づく。キラは巨大な電気の奔流を吸収し、自身の力を明らかにする。エピソードは、デレクが亡き母から導きを求める場面で終わる。

シーズン3、エピソード16：Illuminated - ティーンエイジャーたちがブラックライトのハロウィンパーティーを盛り上げる中、ビーコンヒルズで停電が発生する。スコットはキラの光るオーラを明らかにする写真を消すのを手伝う。スティルズは、バローをキラに導いたメッセージを自分が書いたことを発見する。イーサンとリディアは襲われ、「5」という印をつけられる。スコットはキラのオーラをキツネとして見る。

シーズン3、エピソード17：シルバーフィンガー - クリスは鬼との最初の遭遇を語り、ヤクザのメンバーであるカタシを訪ねる。スティルズは不穏な症状を経験し、メリッサに助けを求める。キアラがスコットの狼男の姿を見たことで、二人の関係は深まる。スティルズは病院で鬼に襲われるが、不可解にも鬼を一体吸収してしまう。その後、鬼たちはマッコール家へと集まってくる。

シーズン3、エピソード18：リドルド - スティルが、負傷した脚で、不明な場所からスコットにパニックで電話をかけてきて行方不明になる。リディアは能力を使って彼を見つけようとする。スティルがノギツネに憑依されていることが判明する。病院で、MRI検査中にスティルが姿を消す。エピソードは、完全に堕落したスティルがキラの母親と対峙する場面で終わる。

シーズン3、エピソード19：レタリア・ウルピナ - ディートンはノギツネを毒殺するためにレタリア・ウルピナを探す。スティルズは罠を仕掛け、コーチを負傷させる。スコットは死にかけている保安官の痛みを吸収する。キラは病院の混乱の中で自身のキツネの力を発見する。スティルズはノギツネであることを明かし、スコットを刺す。ディートンはスティルズに地衣類の抽出液を注射する。

シーズン3、エピソード20：エコー・ハウス - スティルズは、ノギツネから他の人々を守るためにアイチェン・ハウスに入院する。彼はマリアの協力を得て情報を探すが、そこでノギツネの包帯で巻かれた遺体を発見する。ノギツネに憑依されたオリバーからマリアを救うため、スティルズはノギツネに再び憑依されることを許す。マリアはアイチェン・ハウスを去り、スコットに情報を伝える。

シーズン3、エピソード21：狐と狼 - 典子（Noshiko）は第二次世界大戦中の強制収容所での過去を明かし、野狐（Nogitsune）の起源とそれとの繋がりを説明する。雪村氏（Mr. Yukimura）は、典子の最後の戒刀（Kaiken）の場所を明かすことを拒否したため、野狐に嫌悪感を抱く。エピソードは、スティンスキー保安官がデレクのロフトに入り、完全に憑依された状態で出迎えるステイルズに遭遇するところで終わる。

シーズン3、エピソード22：De-Void - ノギツネに憑依されたスティルズは、保安官、アリソン、デレクとデレクのロフトで対峙する。この対決はノギツネの混沌に駆り立てられた強さを明らかにし、鬼との戦いにつながる。スコットとリディアはスティルズの精神に入り、彼を解放しようとする一方、ノギツネはアデンや他の者たちに憑依させるためにハエを解き放つ。エピソードは、スティルズが自分自身を刺し、より多くのハエを放出して姿を消すところで終わる。

シーズン3、エピソード23：飽くなき者 - スコットの群れは、鬼を操るノギツネからリディアを救い出そうと急ぐ。アリソンは戦いの最中に鬼に致命的な一撃を受ける。彼女はスコットの腕の中で、彼が初恋の人だと告げながら息を引き取る。エピソードは、彼女の死の壊滅的な余波で幕を閉じる。

シーズン3、エピソード24：神の一手 - スコットの群れは、自分たちが幻覚の中に閉じ込められていることに気づき、最後の対決でノギツネに立ち向かう。エイダンは鬼との戦いで英雄的に死ぬ。スコットとキラはノギツネを倒し、その本質を箱に閉じ込める。スティーズは蘇生されるが、ノギツネの行動の結果が残るため、勝利はほろ苦いものとなる。