シーズン2、エピソード1：ベルグレービアの醜聞 - シャーロックとジョンは、マイロフトのために、ドミナのアイリーン・アドラーから不名誉な写真を回収する。「あの女」はシャーロックの知的なライバルであることが証明され、国家機密が入った携帯電話を持っている。シャーロックは彼女の携帯電話のパスワードを解読し、「SHER」（私はシャーロックにロックされている）を明らかにする。死んだと報告されたにもかかわらず、シャーロックは後にアイリーン・アドラーを処刑から救い出し、彼女の生存と複雑な関係を確認する。

シーズン2、エピソード2：バスカヴィル家の犬 - シャーロックとワトソンは、秘密の軍事基地に関連するダーツムーアの怪物的な犬を調査する。彼らは「犬」が化学兵器によって引き起こされた幻覚であり、秘密裏のプロジェクトの一部であることを発見する。ヘンリー・ナイトの父親の死の真犯人であるフランクランド博士は、逃亡しようとしている間に地雷原で爆死する。エピソードは、モリアーティの釈放で終わり、今後の出来事を予感させる。

シーズン2、エピソード3：ライヘンバッハ・フォール - モリアーティは、シャーロックを詐欺師に仕立て上げるという、手の込んだ計画を実行する。彼は、シャーロックが自殺しなければ、ジョン、ハドソン夫人、レストレードを暗殺者に殺させると脅迫する。病院の屋上で、モリアーティは自ら銃を撃ち、彼の保険を無効にする。シャーロックはその後、友人を救うために、ジョンに最後の電話をかけてから、ビルの屋上から飛び降り、死んだように見せかける。エピソードは、シャーロックが秘密裏に墓地のジョンを見守る場面で終わる。