謎めいた出自を持つ少女ナディアと、若きフランスの発明家ジャン。物語の序盤、二人はナディアが持つ青い宝石のペンダントを狙う宝石泥棒の一味、グランディス・グランバ、サンソン、ハンソンの追跡を受ける。キャプテン・ネモとその潜水艦「スーパー・シー・クルーザー・ノーチラス号」に救出された後、宝石泥棒と若い主人公たちは手を組み、世界征服を目論むネオ・アトランティス勢力との戦いに参加する。その過程で、ナディアとジャンはガーゴイル率いるネオ・アトランティス勢力の暴力的な支配から世界を救い、世界の謎や青いペンダントの力を探求し、ナディアの隠された家族の絆を明らかにし、最終的にはナディアの秘密の出自を発見する。