未来宇宙。人類は「ゼントラーディ」と呼ばれる巨人種族と戦争を繰り広げていた。敵の手により絶滅の危機に瀕した人類は、星々へと逃亡する。西暦2059年、第25次超長距離移民船団、通称「マクロス・フロンティア」は銀河中心部を目指す旅の途中であった。 マクロス・フロンティアでの生活は、概ね平穏に進んでいた。しかし、人気歌手シェリル・ノームが訪れたことで、事態は急変する。シェリルに熱狂する市民の騒ぎの中、謎の生体機械生命体「バジュラ」が出現し、襲撃を開始したのだ。 17歳の学生でありメカニックパイロットである早乙女アルトは、異星人の脅威に立ち向かうべく戦いに加わる。バジュラと戦う中、アルトはランカ・リーという少女を救出する。その戦いぶりを見たオズマ・リー少佐は、アルトの技量に注目し、戦略防衛軍（SDF）に勧誘する。しかし、アルトの過去の亡霊が彼を苦しめ、勧誘はスムーズには進まなかった。