ある日、オンラインゲーム「エルダー・テイルズ」をプレイしていた3万人のプレイヤーが、突如として異世界に閉じ込められてしまう。そこには、8年間プレイしてきたベテランゲーマー、シロエも取り残されていた。プレイヤーたちはまだ生きているが、モンスターとの戦闘は続いている。何が起こったのか理解できないプレイヤーたちは、東京最大の都市、アキバへと逃げ込み、混乱に陥る。かつて一匹狼の生き方を誇りにしていたシロエは、旧友の直継、女暗殺者のアカツキらと共に「ログ・ホライズン」というギルドを結成する。