京都に隠された「鏡の都」では、妖怪と人間が共に暮らし、誰も死ぬことはない。三人の守護者、鞍馬、八瀬、そして明恵は、両親である明恵上人（みょうえじょうにん）と琴（こと）の帰還を待ちながら、この都を守っていた。そんなある日、琴（こと）という名の少女が、異次元からやってきた弟たち、アとウンと共に、母親を探してこの都に迷い込む。赤い目をしたメカオタクの彼女が、人間なのか妖怪なのか、その正体はすぐには分からない。彼女の登場は、都を支配していた長きにわたる平和を乱すことになる。