舞台は、『Fate/stay night』とは異なる並行世界。第三次聖杯大戦の後、聖杯は冬木から忽然と姿を消した。長い沈黙の後、第五次聖杯大戦が起こるはずだった頃、魔術師の名家であるユグドミレニア一族が魔術協会からの独立を宣言し、聖杯を所有していると公言する。協会は聖杯奪還のため五〇名の魔術師を派遣するが、一体の謎のサーヴァントによって、一人を残して皆殺しにされる。残された一人は、大聖杯の予備システムを起動させ、合計十四騎のサーヴァントを召喚することを可能にした。 聖遺物の支配を巡り、二つの陣営が戦いを繰り広げるのは、トリファス市。それぞれが七騎のサーヴァントからなるチームを擁する。聖杯を守護するユグドミレニア一族を中心とした「黒の陣営」と、聖杯奪還を目指す魔術協会から派遣された者たちからなる「赤の陣営」。この規模の戦いを裁くため、聖杯自身が特別なサーヴァントを召喚する。それが、戦いを監視する聖なる「ルーラー」である。 ここに、大聖杯戦争の幕が上がる。