元自衛官の伊波明。特殊任務で受けた心の傷が原因で自衛隊を辞職。現在は警察庁の秘密部署、特命捜査室に所属している。一方、温厚で寡黙な田丸三郎。かつては特殊任務に就いていたが、ある事件をきっかけに特命捜査室への配属を命じられる。伊波明、田丸三郎、そして個性豊かなメンバーと共に、特命捜査室は政府の重要政治案件や裏の仕事に立ち向かっていく。