ベルリン・ステーションは、現代のスパイシリーズで、ドイツ・ベルリンにあるCIAのステーションに新たに到着した潜入捜査官ダニエル・ミラーを追います。ミラーには秘密の任務があります。それは、今や有名な内部告発者「トーマス・ショー」に扮した人物の正体を突き止めることです。経験豊富なベテラン、ヘクター・デジャンの指導のもと、ダニエルはエージェントの運営、欺瞞、危険、そして道徳的妥協といった現場の厳しい世界に立ち向かう方法を学んでいきます。ベルリンの鏡の迷宮に深く入り込み、ワシントンに繋がる陰謀の糸を解き明かす中で、ダニエルは考えます。ベルリンに派遣された後、誰もが同じでいられるのでしょうか？