20 エピソード
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人類が創造した知覚を持つ機械であるサイロンがニューカプリカを占領し、十二入植地の生存者たちは過酷な抵抗を強いられる中、人類は最も暗い時代に直面しています。最後の残されたバトルスター「ギャラクティカ」の指揮官であるアダマ司令官は、必死に自らの民を救おうとし、一方、ロズリン大統領は、生き残るために必要な政治的混乱と道徳的妥協を乗り越えます。その間、元大統領のガイアス・バルターは、自身が囚人となり、サイロンの協力者となります。
シーズンは、ソール・タイ（アダマの忠実な副官）やサミュエル・アンダース（元アスリートで抵抗運動の戦士）といった人物に率いられた人類抵抗勢力が、ニューカプリカでのサイロン占領に反撃するところから始まります。アダマと彼の息子であるアポロ（熟練パイロット）は、大胆な救出任務を実行しますが、それは大きな犠牲を伴います。バトルスター「ペガサス」は、艦隊を救うための自爆攻撃で破壊されます。宇宙に戻ると、サイロン協力者と見なされた者を罰するための秘密法廷が結成され、ジェームズ・"ジャマー"・ライマンの死につながります。バルターは最終的に捕らえられ、反逆罪で差し迫った裁判に直面します。その後、艦隊は神話の惑星地球を探す危険な旅に出発し、古代サイロンの遺物に出会い、内部の争いに直面します。これには、スターバック（敏腕パイロット）のヴァイパーが爆発した際の明白な死も含まれます。
バルターの重大な裁判が結審すると、彼は驚くべきことに無罪となります。衝撃的な展開として、艦隊の主要メンバー4人、すなわちチーフ・タイロール（先任下士官）、ソール・タイ、サミュエル・アンダース、そしてトーリー・フォスター（ロズリン大統領の補佐官）が、自分たちがサイロンであることを発見します。この啓示の最中、スターバックは新品同様のヴァイパーに乗って奇跡的に帰還し、地球への道を見つけたと主張します。
Battlestar Galacticaのシーズン3は、エピソード1から20までをカバーしています。すべてをまとめると：
シーズン3、第1話：占領 - ニュー・カプリカのサイロン占領から4ヶ月後、アンダースとタイロールが率いる人間抵抗勢力は、サイロンの標的を攻撃する。タイは、エレンがカビルと寝た後、サイロンの投獄から解放される。ギャラクティカでは、アダマとアポロが救出計画をめぐって衝突する。ダックは、ニュー・カプリカ警察の卒業式を標的とした自爆テロ犯となる。ガエタが抵抗勢力の情報提供者であることが明らかになる。
シーズン3、第2話：絶壁 - 自爆テロの後、サイロンは人類の人口を取り締まり、抵抗勢力のメンバーと思われる者を逮捕する。バルターは死刑執行命令に署名することを余儀なくされ、その結果、カプリカ・シックスが死亡する。エレン・タイはソウルを守るために抵抗勢力を裏切る。ジャマーはキャリーの脱出を助けるが、彼女が逃げる際に銃声が聞こえる。
シーズン3、第3話：脱出、パート1 - タイロールはキャリーを処刑から救い、シャロンは発射キーを確保し、ヘラが生きていることを知る。タイはエレンの裏切りを知る。アダマはニューカプリカの住民を救出する準備をし、アポロに地球へ艦隊を率いる前に18時間待つよう命じる。シャロンはスリーを撃つ。エピソードは人類の脱出の準備で締めくくられる。
シーズン3、第4話：脱出、パート2 - ギャラクティカはニューカプリカの生存者の大胆な救出を実行するが、甚大な被害を受ける。ソウル・タイは、サイロンとの協力の罪でエレンを毒殺する。ペガサスが支援に到着するが、最終的には自爆攻撃を行い、自らの破壊と引き換えにベーススターを破壊する。艦隊は再会し、ジャンプするが、ヘラはニューカプリカで行方不明になる。
シーズン3、第5話：協力者たち - ニューカプリカからの帰還後、「サークル」と呼ばれる秘密の法廷が、サイロン協力者と見なされた者たちの処刑を開始する。その中にはジェームズ・"ジャマー"・ライマンも含まれる。フェリックス・ガエタも標的にされるが、チーフ・タイロールはガエタが重要なレジスタンスの情報源だったことに気づき、彼を救う。その後、ロズリンは恩赦を宣言し、バルダーの運命はサイロンの間で議論される。サークルは、無実の男を処刑しかけた後、解散する。
シーズン3、第6話：引き裂かれて - タイとスターバックは乗組員の間に対立を生み出し、アダマが介入する事態となる。バルダーはサイロンを支援するが、サイロンはベイスターを感染させるウイルスに対処している。バルダーは感染したベイスターに乗り込むことを志願し、そこで彼はシックスのコピーを殺害する。サイロンはベイスターを放棄し、その後アテナとレーストラックがそれを発見する。
シーズン3、第7話：救済の尺度 - ギャラクティカは、ウイルスに感染したサイロン基地船を調査する。アポロは、ウイルスを使ってサイロンに対して大量虐殺を犯すことを提案する。ヘロは、その計画に反対し、ウイルスの拡散を防ぐためにサイロンの囚人を殺害する。バルターは、ウイルスに関する情報を求めて、スリーに拷問される。エピソードは、アダマが囚人の死亡と計画の失敗を報告して終わる。
シーズン3、第8話：ヒーロー - 何年も前に死亡したと思われていたパイロット、ダニエル "ブルドッグ" ノヴァチェク中尉が、サイロンの捕虜から脱出したと主張して帰還する。スターバックは、サイロンが彼の脱出を許したように見えることを発見する。アダマは、艦隊を守るためにブルドッグを撃墜するよう命令したことを明かし、それがノヴァチェクの復讐的な攻撃につながる。ロズリンはアダマの辞任を拒否し、彼の功績を称えて勲章を授与する。エピソードは、ノヴァチェクが新しい生活を始めるために去る場面で終わる。
シーズン3、第9話：未完のビジネス - 緊張を和らげるためにボクシング大会が開催されるが、ニューカプリカからの未解決の感情をかき立てる。フラッシュバックでは、カーラのアンダースとの結婚によって悪化した、カーラとリーの関係の崩壊が明らかになる。アダマはタイロールと戦い、サイロンの攻撃を招いた緩慢さに対する罪悪感を表現する。エピソードは、リーがドゥアラにプロポーズする場面で終わる。この決断はカーラの行動に影響されたものだった。
シーズン3、第10話：通路 - 食料供給が危機的に低下し、艦隊は飢餓に直面する。スターバックと他のギャラクティカのパイロットは、藻類が豊富な惑星に到達するため、放射能が非常に高い星団を通過して民間船を誘導する。カットは迷子になった船を救うために限界まで自分を追い込むが、放射線中毒に屈する。彼女の英雄的な行動にもかかわらず、カットは死亡する。しかし、アダマは彼女の階級を回復させ、麻薬密売人としての過去を免罪する。
シーズン3、第11話：木星の瞳 - タイロールは五つの神殿を発見し、植民地軍とサイロン軍の両方を藻類の惑星に引き寄せる。スターバックとアポロの不倫関係は激化し、アテナはヘラが生きていることを知る。アダマはサイロンが木星の瞳を手に入れるのを阻止するため、惑星を核攻撃すると脅す。エピソードは緊迫した対立と超新星爆発の脅威で終わる。
シーズン3、第12話：歓喜 - アダマはサイロンが木星の目へ到達するのを阻止するため、惑星を核攻撃する準備をする。ヘロはアテナを射殺し、彼女が復活してヘラを救出できるようにする。D'Annaはファイナル・ファイブの顔を見るが、彼らを明かす前に箱詰めされる。惑星の星が新星爆発を起こし、神殿を破壊する。バルターはタイロールに捕らえられる。
シーズン3、第13話：悩みからの休息 - バルターは自殺を試み、幻覚剤を使って尋問され、彼の恐怖と彼がサイロンではないという信念を明らかにする。一方、アポロ、スターバック、そして彼らの配偶者間の関係問題がエスカレートする。乗組員は「ジョーズ・バー」を設立する。エピソードは、ロズリンとアダマがバルターの運命について話し合い、彼の今後の裁判を設定して終わる。
シーズン3、第14話：女の王 - ヘロはサジタロン難民の間で発生した一連の不審死を調査し、ロバーツ医師が意図的に致死性の毒素を投与していたことを突き止める。ロズリンとザレクは、バルターの差し迫った裁判をめぐって対立する。カプリカ・シックスは、独房でバルターの幻覚を見る。ロバーツ医師は犯罪で逮捕される。アダマは、彼を信じなかったことをヘロに謝罪する。
シーズン3、第15話：ある一日 - アダマは結婚記念日と疎遠になった妻を思い出す。一方、タイロールとキャリーは減圧するエアロックに閉じ込められてしまう。外側のハッチを爆破するという危険な救出計画が立てられる。タイロール夫妻はスターバックとアポロによって無事救出され、アダマの記憶を呼び起こす。エピソードは、アダマがリーに法律書を贈る場面で終わり、言葉にされない愛情をほのめかす。
シーズン3、第16話：汚れた手 - ラプターの墜落事故から燃料の汚染が明らかになり、過酷な労働条件から製油所の労働者の間で不満が爆発する。バルダーが密輸したマニフェストに触発され、彼らはストライキを起こし、燃料生産を停止させる。アダマはタイロールにキャリーの処刑をちらつかせ、ストライキを終わらせるよう強要するが、ロズリンは労働者の懸念に対処することに同意する。エピソードは、潜在的な改革とシーリックスの昇進で締めくくられる。
シーズン3、第17話：メイルストロム - リーベンの悪夢と幻影に悩まされるスターバックは、神託を求めて虐待的な過去と向き合う。パトロール中、彼女はサイロンのヘビーレイダーを木星の目のような嵐の中に追いかける。スターバックは母親の死と和解するが、その後、彼女のバイパーは爆発する。アダマは悲しみに暮れ、彼の模型船を破壊する。
シーズン3、第18話：息子もまた立ち上がる - スターバックの明白な死後、リーはバルダーの新しい弁護士、ロモ・ランプキンを保護するよう命じられる。以前の弁護士が爆発で殺害されたためだ。ロズリンはバルダーの裁判のために、アダマを含む判事を任命する。ランプキンの型破りなやり方は、リーにバルダーの有罪を疑問視させ、父親と衝突させる。別の爆弾が爆発し、リーは陰謀を示唆する証拠を見つける。エピソードは、リーがランプキンに味方し、バルダーの弁護に積極的に参加する準備ができているところで終わる。
シーズン3、第19話：岐路、パート1 - バルターの裁判が始まり、ニューカプリカでの彼の行動に焦点が当てられる。ロズリンとアテナはビジョンを共有し、タイとアンダースは謎の音楽を耳にする。リーはアダマとの論争の後、任務を辞任する。ロズリンはチャマラを使用していたことを認め、エピソードは巨大なサイロン艦隊の出現で終わる。
シーズン3、第20話：岐路 パート2 - バルターは無罪となり、激しい怒りを買う。タイロール、タイ、アンダース、そしてトリーは、奇妙な歌に引き寄せられた後、自分たちがサイロンであることを知る。電力が失われ、スターバックが新品同様のバイパーで帰還し、地球を発見したと主張する。エピソードは、接近するサイロンとの戦いに備える艦隊で締めくくられる。
