「エリア88」は、1970年代後半から1980年代初頭にかけて、アズラン王国と呼ばれる中東の紛争地域を舞台に物語が展開します。この戦争では傭兵の戦闘機パイロットが起用され、その本部はエリア88と呼ばれる秘密の砂漠の空軍基地に置かれています。 有望な航空会社のパイロットであったシン・カザマは、「友人」である神崎悟に騙され、入隊させられてしまいます。エリア88からの脱走者として処刑の危機に瀕したシンは、不本意ながら戦闘機パイロットとなり、3年間の契約を全うしようとします。 エリア88には、様々な過去を持つ、一癖も二癖もある者たちが集まってきます。他の傭兵たちの中には、ベトナム戦争での任務を終えた後、普通の生活に適応できなかったアメリカ人のミック・サイモンもいます。ミックはエリア88でシンの親友となります。 また、エリア88でよく見かける顔として、マッコイという欲深い武器商人がいます。彼は傭兵たちが必要とするトイレットペーパーから、計画まで、あらゆるものを売りさばきます…。