Il Prigioniero racconta la storia di un uomo, Sei, che si sveglia per scoprire di essere inspiegabilmente intrappolato in un luogo misterioso e surreale, Il Villaggio, senza alcun ricordo di come sia arrivato lì. Mentre esplora freneticamente il suo nuovo ambiente, scopre che i residenti del Villaggio sono identificati da un numero, non hanno memoria di alcuna esistenza precedente e sono sotto costante sorveglianza. Il Villaggio è controllato da un uomo - il sinistro e carismatico Due. Nel corso della serie, Sei e Due sono impegnati in una battaglia di ingegno, mentre Sei sfida la natura oppressiva del Villaggio e lotta per scoprire la verità che si cela dietro di esso.