La serie è incentrata su Nadia, una giovane ragazza di origini sconosciute, e Jean, un giovane inventore francese. All'inizio della storia, i due protagonisti sono braccati da Grandis Granva, Sanson e Hanson, un gruppo di ladri di gioielli che inseguono Nadia per il ciondolo blu tempestato di gemme che possiede. Dopo essere stati salvati dal Capitano Nemo e dal suo sottomarino, il Super Sea Cruiser Nautilus, i ladri di gioielli e i giovani protagonisti uniscono le forze e partecipano alla lotta contro le forze Neo-Atlantidee, che cercano di dominare il mondo. Nel processo, Nadia e Jean salvano il mondo dalla violenta dominazione delle forze Neo-Atlantidee guidate da Gargoyle, esplorano misteri mondiali e i poteri del ciondolo blu, scoprono i legami familiari nascosti di Nadia e, infine, svelano le origini segrete di Nadia.