Naruto: Shippuden è il seguito della serie animata originale Naruto. La storia ruota attorno a un Uzumaki Naruto più grande e leggermente più maturo e alla sua missione di salvare il suo amico Uchiha Sasuke dalle grinfie del ninja serpentino, Orochimaru. Dopo due anni e mezzo, Naruto torna finalmente al suo villaggio di Konoha e inizia a mettere in pratica le sue ambizioni, anche se non sarà facile, poiché ha accumulato alcuni (più pericolosi) nemici, come l'organizzazione ninja; Akatsuki.