Kyle XY è un'incredibile mistero su un adolescente senza passato. La serie racconta il sorprendente viaggio di Kyle, un ragazzo di 16 anni con un'intelligenza straordinaria che manca di comportamenti umani istintivi come la rabbia, la gioia e l'amore, e della famiglia che lo ha trovato. Dopo essere uscito dai boschi e aver camminato nel traffico, Kyle viene mandato in un centro di detenzione giovanile dove entra in contatto con la sua prima esperienza di cibo e interazione umana: non tutta amichevole. Al centro si rendono conto che Kyle non è come un normale adolescente, specialmente quando scoprono che gli manca l'ombelico. Con domande come 'Chi è questo ragazzo?' e 'Da dove viene?', la psicologa Nicole Trager viene chiamata per aiutare a ottenere alcune risposte tanto necessarie.