Kobato è una ragazza dolce, vivace, carina ma ingenua che ha un contratto: per andare in un certo posto, deve riempire una misteriosa bottiglia con i "cuori guariti" delle persone. Tuttavia, la restrizione è che deve completare la sua missione prima che le quattro stagioni finiscano. Mentre Kobato cerca di portare a termine il suo compito, è accompagnata da Ioryogi, uno spirito sotto forma di peluche a forma di cane. Poiché Ioryogi è responsabile di una punizione che è stata inflitta a lui e ai suoi amici del mondo spirituale, deve guidare Kobato e assicurarsi che riesca nella sua missione, affinché lui e i suoi amici possano tornare alle loro vere forme.