Inukami! ruota attorno a Keita Kawahira, un discendente di un clan di domatori di Inukami e considerato un fallimento dal clan a causa del suo atteggiamento verso il dovere. Gli Inukami, letteralmente "dio cane", sono creature benevole che possiedono poteri spirituali. Sono un tipo di demone con l'aspetto di un cane che può trasformarsi in forma umana. Insieme a un partner del storico clan di domatori di Inukami, agiscono per obliterare il male e proliferare la giustizia. Inizialmente, Keita non riesce a trovare un Inukami con cui legarsi, ma alla fine una bellissima Inukami di nome Yoko decide di diventare il suo Inukami, facendo gioire Keita. Tuttavia, la sua gioia dura poco quando scopre che lei è un Inukami molto problematico e incontrollabile. Da quel momento in poi, la vita di Keita diventa piena di imbarazzi senza fine.