Lo sfondo di Gilgamesh è la lotta tra due forze opposte. Una delle forze è conosciuta come Gilgamesh, guidata da Terumichi Madoka (meglio conosciuto come Enkidu), e l'altra parte è la Contessa di Werdenberg e i tre figli Orga-Superior che vivono con lei. In apparenza, gli Orga-Superior sono indistinguibili dagli umani. Tuttavia, possiedono un potere speciale noto come "Dynamis" che permette loro di usare energia psichica e controllare oggetti con la sola mente. Il tema principale di Gilgamesh è quello della scelta di schieramento.