Trent'anni fa uno strano fenomeno chiamato "spacequake" devastò il centro dell'Eurasia, causando la morte di almeno 150 milioni di persone. Da allora, spacequake più piccoli affliggono il mondo su base irregolare. Shido Itsuka, uno studente liceale apparentemente ordinario, incontra una ragazza misteriosa nel punto zero di uno spacequake e scopre da sua sorella Kotori che lei è uno degli "Spiriti", la vera causa degli spacequake che si verificano quando si manifestano nel mondo. Scopre anche che Kotori è il comandante dell'aeronave Fraxinus, equipaggiata dall'organizzazione Ratatoskr, e viene reclutato per utilizzare la sua misteriosa abilità di sigillare i poteri degli Spiriti, impedendo loro così di essere una minaccia per l'umanità. Tuttavia, c'è un intoppo: per sigillare il potere di uno Spirito, deve farla innamorare di lui e baciarla.