L'anno è il 2046. Haruyuki Arita è un giovane ragazzo che si ritrova ai gradini più bassi della scala sociale della sua scuola. Vergognandosi della sua vita misera, Haruyuki riesce a sopportarla solo rifugiandosi nei giochi virtuali. Ma tutto cambia quando Kuroyukihime, la ragazza più popolare della scuola, gli presenta un misterioso programma chiamato Brain Burst e una realtà virtuale chiamata Accel World.