Seorang anak laki-laki bernama Yugi Moto memecahkan sebuah Puzzle Kuno dari Mesir dan membangkitkan alter ego yang gelap dan kuat. Kapan pun ia dan teman-temannya terancam oleh kejahatan, alter ego ini akan keluar dari batasan Millenium Puzzle dan menantang para penjahat dalam Permainan Bayangan: Situasi Hidup atau Mati yang menguji sifat asli manusia. Mereka yang kalah atau curang akan menderita hukuman berat yang berakibat kehilangan kewarasan atau bahkan nyawa mereka. Bersama teman-temannya Joey, Tristan, Téa, dan Miho; Yugi dan rekan gelapnya berhadapan dengan musuh seperti Seto Kaiba: Juara kejam dari permainan kartu duel monster; dan Ryo Bakura, yang memiliki Cincin Millenium berisi roh yang lebih brutal daripada Yami Yugi. Akankah Yugi dan teman-temannya berhasil atau akankah mereka kehilangan jiwa mereka?