Beberapa tahun setelah seri Yu-Gi-Oh! sebelumnya, GX mengikuti generasi baru duelist di Akademi Duel yang bergengsi—sekolah asrama yang sangat kompetitif di mana pensil dan buku telah digantikan oleh Duel Disk dan kartu monster! Namun, ini bukan hanya tentang meraih nilai bagus bagi para siswa yang sedang naik daun ini – ini tentang menjadi Raja Permainan berikutnya!