Cerita ini mengikuti Ken Kaneki, seorang mahasiswa yang bertemu dengan seorang wanita bernama Rize Kamishiro di Anteiku, sebuah kedai kopi. Mereka berbagi minat dalam sastra dan merencanakan kencan. Saat mengantar Rize pulang, Ken diserang olehnya. Rize mengungkapkan bahwa dia adalah ghoul, makhluk mirip manusia yang berburu dan memakan daging manusia. Saat dia akan menghabisi Ken, dia tertimpa platform yang jatuh. Kaneki dibawa ke rumah sakit dalam kondisi kritis. Dokter memutuskan untuk mentransplantasi organ Rize ke dalam tubuh Ken. Dia kemudian harus menghadapi kehidupan sebagai setengah manusia/setengah ghoul, termasuk berinteraksi dengan masyarakat ghoul dan fraksi-fraksi yang bertentangan, sambil berusaha menjaga identitasnya tetap rahasia dari manusia lainnya.