Soul Buster bercerita tentang seorang anak laki-laki bernama Son Shin yang hidup di masa kini. Ia memecahkan segel dalam mimpinya dan menghapus masa lalu yang dikenal sebagai periode Sangokushi. Tanpa mengetahui alasannya, ia melakukan perjalanan kembali ke masa lalu dan terlibat dalam garis waktu Sangokushi.