Shōgun berlatar di Jepang pada tahun 1600, di awal perang saudara yang akan mendefinisikan abad ini. Lord Yoshii Toranaga berjuang untuk hidupnya saat musuh-musuhnya di Dewan Wali bersatu melawannya, ketika sebuah kapal Eropa misterius ditemukan terdampar di desa nelayan terdekat.