Pada tahun 1999, sebuah pesawat alien jatuh di Pulau Atalia Selatan. Manusia pun mengetahui bahwa mereka tidak sendirian di angkasa. Sepuluh tahun kemudian, pesawat itu telah dibangun kembali dan diberi nama SDF-1 Macross. Namun, pada hari peluncurannya, spesies yang disebut Zentraedi tiba di Bumi, memulai perang UN Spacy melawan Zentraedi yang selamanya mengubah sejarah kedua spesies ini.