Di dunia di mana waktu berjalan lambat dan darah tetanggamu berwarna biru, siswa SMA berusia 17 tahun Ayato Kamina menjalani kehidupan sehari-harinya di Tokyo Jupiter, tak peduli dengan dunia di sekitarnya, karena ia dididik dengan fakta bahwa seluruh peradaban selain Tokyo telah hancur. Namun, semua itu berubah ketika peradaban misterius "MU" menyerbu rumahnya, menghancurkan dari langit dalam bentuk monster aneh yang disebut Dolem. Peristiwa yang terjadi selanjutnya akan membawa Ayato kepada wanita misterius bernama Reika Mishima, kebenaran keberadaan mereka, penemuan tentang apa dan siapa dirinya, serta robot malaikat yang kuat, RahXephon.