Kisah ini berlatar di dunia di mana manusia melanjutkan perang mereka melawan "yang tak dikenal"—musuh umat manusia. Anak-anak yang dievakuasi ke fasilitas tidur dingin selama invasi "yang tak dikenal" beberapa dekade lalu terbangun dari tidur mereka dan mengetahui bahwa tubuh mereka mengembangkan kekuatan supernatural. Untuk melindungi negara dari "yang tak dikenal" yang muncul dari gerbang Teluk Tokyo, para pemuda dan pemudi melancarkan pertempuran dalam pertahanan kota-kota Tokyo, Kanagawa, dan Chiba.