Di musim semi saat kelopak bunga sakura berguguran, Yū Narukami pindah ke Yaso Inaba untuk tinggal bersama paman dan sepupunya karena keadaan keluarganya. Ia pindah ke SMA Yasogami, di mana kehidupan sekolahnya yang penuh peristiwa dimulai. Namun, ketika pembunuhan berantai mulai terjadi di kota yang damai itu, Yū terbangun pada kekuatan hatinya yang berubah menjadi wujud fisik: Persona. Di antara misteri-misteri baru ini terdapat Marie, seorang penghuni dunia alternatif, Velvet Room, yang tidak memiliki ingatan tentang masa lalunya. Bersama teman-temannya, Yū harus memecahkan semua teka-teki yang ada di hadapannya dan menyelamatkan Yaso Inaba dari kekerasan lebih lanjut.