Di dunia masa depan yang tak lama lagi, setelah perang besar terakhir, sebagian besar umat manusia hidup di segelintir negara kota. Di sana, bagi kaum elit yang beruntung, hidup seharusnya sempurna. Namun bagi Shion muda, satu-satunya hal yang sempurna adalah mimpi buruk yang menimpa hidupnya sejak membiarkan seorang anak laki-laki aneh bernama Nezumi menginap di apartemennya. Diasingkan ke pinggiran kota dan dilucuti dari semua hak istimewa karena membantu orang asing misterius yang kini telah menghilang, Shion kini mendapati dirinya dalam bahaya yang lebih buruk saat penyelidikannya terhadap serangkaian kematian misterius yang baru berujung pada penangkapannya atas tuduhan pembunuhan! Namun, bahkan saat Shion dikirim ke Lembaga Pemasyarakatan kota, Nezumi yang lama menghilang muncul kembali untuk menyelamatkannya! Kini dalam pelarian, kedua pemuda itu hanya punya satu kesempatan untuk bertahan hidup: mengungkap rahasia misterius yang tersembunyi di jantung No. 6 yang jahat!