Tahun 2015, dan setengah dari populasi Bumi telah mati, korban dari bencana yang disebut Dampak Kedua! Menjawab panggilan dari ayahnya yang misterius, Shinji Ikari yang berusia 14 tahun tiba di kota yang dibangun kembali, New Tokyo-3, tepat saat makhluk raksasa yang diidentifikasi sebagai "Malaikat" menyerang! Terpaksa masuk ke kokpit dari sebuah konstruksi bio-mekanis raksasa yang dikenal sebagai Evangelion, Shinji harus mempertahankan kota dari serangan Malaikat yang mengamuk atau mati berusaha!