Di negara Gazth-Sonika, perang saudara berkecamuk. Di sana, seorang tentara bayaran bernama Madlax menjalankan profesinya dengan keterampilan yang hampir supernatural. Di negara Nafrece yang tampak damai, Margaret Burton menjalani kehidupan yang tenang. Meskipun kehidupan mereka tampak terpisah, keduanya terhubung oleh ikatan misteri, dan oleh sebuah kitab suci yang juga dicari oleh organisasi bayangan, Anfan. Saat Margaret dan Madlax mengikuti jalur takdir mereka, mereka semakin dekat untuk mengungkap kebenaran - tanpa jaminan bahwa itu adalah kebenaran yang bisa mereka terima.