Kisah Kanokon berpusat pada Kouta Oyamada, seorang siswa SMA tahun pertama yang pindah dari desa ke kota dan akhirnya bersekolah di SMA Kunpo. Pada hari pertamanya di sekolah barunya, seorang siswi cantik tahun kedua bernama Chizuru Minamoto memintanya untuk bertemu sendirian di ruang musik. Ketika dia tiba, Chizuru mengungkapkan bahwa dia sebenarnya adalah dewi rubah, dan sejak hari itu mereka berdua sering bersama. Nozomu adalah siswi tahun pertama di sekolah Kouta, dia sebenarnya adalah dewi serigala yang jatuh cinta pada Kouta, dan menjadi saingan Chizuru untuk mendapatkan kasih sayang Kouta.