Inukami! mengisahkan tentang Keita Kawahira, seorang keturunan dari klan penjinak Inukami yang dianggap gagal oleh klannya karena sikapnya terhadap tugas. Inukami, yang secara harfiah berarti "dewa anjing", adalah makhluk baik hati yang memiliki kekuatan spiritual. Mereka adalah sejenis iblis dengan penampilan seperti anjing yang bisa berubah menjadi bentuk manusia. Bersama dengan seorang pasangan dari klan penjinak Inukami yang bersejarah, mereka bertindak untuk memusnahkan kejahatan dan menyebarkan kebenaran. Keita awalnya tidak dapat menemukan Inukami untuk diikat, tetapi akhirnya seorang Inukami cantik bernama Yoko memutuskan untuk menjadi Inukaminya, membuat Keita sangat gembira. Namun, kebahagiaannya tidak bertahan lama ketika ia menemukan bahwa Yoko adalah Inukami yang sangat bermasalah dan tidak dapat dikendalikan. Sejak saat itu, kehidupan Keita dipenuhi dengan rasa malu yang tiada henti.