Kisah Hunter × Hunter berfokus pada seorang anak laki-laki bernama Gon Freecss, yang suatu hari menemukan bahwa ayah yang selalu diceritakan kepadanya telah meninggal ternyata masih hidup dan sehat. Ia belajar bahwa ayahnya, Ging Freecss, adalah seorang Hunter legendaris, seseorang yang telah membuktikan diri melalui ujian sebagai anggota elit umat manusia, dengan lisensi untuk pergi ke mana saja atau melakukan apa saja. Meskipun ayahnya meninggalkan Gon bersama kerabatnya untuk mengejar mimpinya, Gon bertekad untuk mengikuti jejak ayahnya, lulus ujian Hunter, dan akhirnya menemukan ayahnya, untuk membuktikan dirinya sebagai Hunter yang mandiri.