Latar belakang Gilgamesh adalah pertarungan antara dua kekuatan yang berlawanan. Salah satu kekuatan dikenal sebagai Gilgamesh, dipimpin oleh Terumichi Madoka (lebih dikenal sebagai Enkidu), dan pihak lainnya adalah Countess of Werdenberg dan tiga anak Orga-Superior yang tinggal bersamanya. Secara penampilan, Orga-Superior tidak dapat dibedakan dari manusia. Namun, mereka memiliki kekuatan khusus yang dikenal sebagai "Dynamis" yang memungkinkan mereka menggunakan energi psikis dan mengendalikan objek hanya dengan pikiran mereka. Tema utama Gilgamesh adalah tentang memilih pihak.