Mayor Motoko Kusanagi adalah seorang cyborg yang cantik namun mematikan, yang merupakan pemimpin skuad Seksi 9 - unit rahasia pemerintah Jepang yang ditugaskan untuk melawan terorisme dan perang siber. Dikelilingi oleh tim yang terlatih dengan ahli, Motoko menghadapi tantangan terbesarnya - Si Tertawa - seorang teroris yang mengatur penculikan dan pemerasan bertahun-tahun yang lalu dan tiba-tiba muncul kembali. Untuk mengungkap identitas kriminal misterius ini, Motoko dan Seksi 9 terjebak dalam labirin mematikan dan mereka harus menggunakan semua keahlian mereka untuk bertahan hidup.